Berlatar masyarakat multietnis—Melayu, Jawa, Madura, Bugis, dan Tionghoa—pesantren ini lahir dari semangat kebersamaan dan kepedulian terhadap pendidikan Islam. Ustadz Djuhaedi, seorang da’i asal Banten dan kader organisasi Mathla’ul Anwar, bersama Bapak Yakop Abdullah yang mewakafkan tanahnya, menjadi pelopor berdirinya pesantren ini.

Secara operasional, Pondok Pesantren Mathla’ul Anwar mulai beraktivitas pada 17 Juli 1997 dengan membuka Madrasah Tsanawiyah (MTs). Dua tahun kemudian, pada 2000, dibuka Madrasah Aliyah (MA), dan sejak itu jumlah santri terus meningkat, bahkan berasal dari luar negeri seperti Malaysia.

Hingga kini, Pondok Pesantren Mathla’ul Anwar terus berkembang menjadi lembaga pendidikan Islam yang unggul dan berkomitmen mencetak generasi berilmu, berakhlak, dan berwawasan luas.